Kontroversi dan Dugaan Pelanggaran HAM

Selain penghargaan, banyak kontroversi dan dugaan pelanggaran HAM yang ditujukan kepada Prabowo saat bertugas di militer. 

Pada tahun 1983, saat Prabowo masih berpangkat Kapten, dirinya diduga pernah mencoba melakukan upaya penculikan sejumlah petinggi militer, termasuk Jendral LB Moerdani. Namun upaya ini kabarnya digagalkan oleh Mayor Luhut Panjaitan, Komandan Den 81/Antiteror. Prabowo sendiri adalah wakil Luhut saat itu. 

Pada tahun 1990-an, Prabowo diduga terkait dengan sejumlah kasus pelanggaran HAM di Timor Timur. Pada tahun 1995, ia diduga menggerakkan pasukan ilegal yang melancarkan aksi teror ke warga sipil. Peristiwa ini membuat Prabowo nyaris baku hantam dengan Komandan Korem Timor Timur saat itu, Kolonel Inf Kiki Sjahnakrie, di kantor Pangdam IX Udayana. 

Sejumlah lembaga internasional menuntut agar kasus ini dituntaskan. Menurut pakar hukum Adnan Buyung Nasution, kasus ini belum selesai secara hukum karena belum pernah diadakan pemeriksaan menurut hukum pidana.

Pada tahun 1997, Prabowo diduga mendalangi penculikan dan penghilangan paksa terhadap sejumlah aktivis pro-Reformasi. Setidaknya 13 orang, termasuk seniman 'Teater Rakyat' Widji Thukul, aktivis Herman Hendrawan, dan Petrus Bima hilang dan belum ditemukan hingga sekarang. Mereka diyakini sudah meninggal. 

Prabowo sendiri mengakui memerintahkan Tim Mawar untuk melakukan penculikan kepada sembilan orang aktivis, diantaranya Haryanto Taslam, Desmond J Mahesa dan Pius Lustrilanang.

Namun demikian, Prabowo Subianto belum diadili atas kasus tersebut walau sebagian anggota Tim Mawar sudah dijebloskan ke penjara. Sebagian korban dan keluarga korban penculikan 1998 juga belum memaafkan Prabowo dan masih terus melanjutkan upaya hukum. Sebagian berupaya menuntut keadilan dengan mengadakan aksi 'diam hitam kamisan', aksi demonstrasi diam di depan Istana Negara setiap hari Kamis. 

Sebagian lagi telah bergabung dengan kepengurusan Partai Gerakan Indonesia Raya, bahkan duduk di DPR RI. Haryanto Taslam yang telah menjadi anggota Dewan Pembina Partai Gerindra, mengatakan "Prabowo sudah minta maaf pada saya. Dia juga mengajak saya bergabung untuk membangun negara ini. Saya adalah korban Prabowo dan Prabowo adalah korban politik saat itu. Dia juga korban. Prabowo hanya merupakan tentara yang mematuhi perintah atasannya. Ide penculikan bukan dari Prabowo. Rezim Orde Baru saat itu pun represif. Jika bukan Prabowo pasti orang lain yang akan diperintah untuk menculik."

Prabowo Subianto juga diduga mendalangi Kerusuhan Mei 1998 berdasar temuan Tim Gabungan Pencari Fakta. Dugaan motifnya adalah untuk mendiskreditkan rivalnya Pangab Wiranto, untuk menyerang etnis minoritas, dan untuk mendapat simpati dan wewenang lebih dari Soeharto bila kelak ia mampu memadamkan kerusuhan. Juga pada Mei 1998, menurut kesaksian BJ Habibie yang kala itu menjabat sebagai Presiden RI dan purnawirawan Sintong Panjaitan, Prabowo melakukan insubordinasi dan berupaya menggerakkan tentara ke Jakarta dan sekitar kediaman Habibie untuk kudeta. 

Karena insubordinasi tersebut, Prabowo diberhentikan dari posisinya sebagai Panglima Kostrad oleh Wiranto atas instruksi Habibie. Masalah utama dari kesaksian Habibie ialah bahwa sebenarnya, pasukan-pasukan yang mengawal rumahnya adalah atas perintah Wiranto, bukan Prabowo. 

Pada briefing komando tanggal 14 Mei 1998, panglima ABRI mengarahkan Kopassus mengawal rumah-rumah presiden dan wakil presiden. Perintah-perintah ini diperkuat secara tertulis pada tanggal 17 Mei 1998 kepada komandan-komandan senior, termasuk Sjafrie Sjamsoeddin, Pangdam Jaya pada waktu itu.

Dalam buku biografinya, Prabowo yakin ia bisa saja melancarkan kudeta pada hari-hari kerusuhan di bulan Mei itu. Tetapi yang penting baginya ia tidak melakukannya.

“Keputusan memecat saya adalah sah,” katanya. “Saya tahu, banyak di antara prajurit saya akan melakukan apa yang saya perintahkan. Tetapi saya tidak mau mereka mati berjuang demi jabatan saya. Saya ingin menunjukkan bahwa saya menempatkan kebaikan bagi negeri saya dan rakyat di atas posisi saya sendiri. Saya adalah seorang prajurit yang setia. Setia kepada negara, setia kepada republik”

Terjun ke Politik dan Kehidupan Pribadi

Prabowo Subianto menikah dengan Titiek yang merupakan anak Presiden Soeharto. Pernikahan Prabowo dengan Titiek berakhir tidak lama setelah Soeharto mundur dari jabatan Presiden Republik Indonesia. Dari pernikahannya dengan Titiek, Prabowo dikaruniai seorang anak, Didiet Prabowo. Didiet tumbuh besar di Boston, AS dan sekarang tinggal di Paris, Perancis sebagai seorang desainer.

Setelah berhenti berkarier dari Dunia Militer, Prabowo Subianto kemudian memulai peruntungannya menjadi seorang Pengusaha mengikuti jejak adiknya yaitu Hashim Djojohadikusumo. 

Karier Prabowo sebagai pengusaha dimulai dengan membeli Perusahaan Kertas yaitu Kiani Kertas, perusahaan pengelola pabrik kertas yang berlokasi di Mangkajang, Kalimantan Timur, yang sebelumnya Kiani Kertas dimiliki oleh Bob Hasan. Kiani Kertas kemudian diganti nama menjadi Kertas Nusantara.

Prabowo memiliki kelompok perusahaan yang diberi nama Nusantara Group dengan 27 perusahaan di dalam dan luar negeri. Usaha-usaha yang dimiliki oleh Prabowo bergerak di bidang perkebunan, tambang, kelapa sawit, dan batu bara.

Setelah sukses menjadi seorang pengusaha, Prabowo  kemudian memulai peruntungan kariernya di bidang politik, Prabowo mencalonkan diri sebagai calon presiden dari Partai Golkar pada Konvesi Capres Golkar 2004. Meski lolos sampai putaran akhir, akhirnya Prabowo kandas di tengah jalan. Ia kalah suara oleh Wiranto. 

Kemudian pada tahun 2009, Prabowo Subianto memulai peruntungannya kembali menjadi Calon Presiden pada pemilu 2009 lewat partai bentukannya, Gerindra. Namun karena perolehan suara Partai Gerindra kurang dari 20%, Prabowo melakukan koalisi dengan maju sebagai calon wakil presiden dan Megawati Soekarnoputri sebagai calon Presiden.

Hasil pemilihan kala itu mengumumkan pasangan Susilo Bambang Yudhoyono dan Boediono menjadi Presiden dan Wakil Presiden.